教育部長が、台湾の大学が中国大陸の大学に対して政治的な授業を行わないという内容の承諾書を渡していたことは法令違反との認識を示した。このほど一部の私立大学は中国大陸の大学と提携し、中国大陸側の大学の学生を受け入れる際、中国大陸側の要求に応じて、講義の内容が政治的にデリケートな活動に関わらないことを約束し、また、「一つの中国、一つの台湾」、「二つの中国」、「台湾独立」などの活動にも携わらせないことを強調していたことが明らかになった。国立清華大学でもこうした文書に調印していたことがわかっている。
与党・民進党の何欣純・立法委員は3日、林全・行政院長への質疑の中で、教育の自由を脅かし、国の体面に影響する問題だと指摘した。林全・行政院長はこれに対し、基本的な原則は政治的立場が学術の自由に介入しないことだとし、大学が中国大陸と交流するのは可能だが、そこに政治が介入することには反対する立場を表明した。
また、教育部の潘文忠・部長は、大学が中国大陸の学生を募集する中で一部の学校は規定どおりに報告をしていない他、今回問題になった承諾書自体、「両岸人民関係条例」に一部抵触すると指摘した。
行政院大陸委員会の張小月・主任委員は、承諾書は不適切かつ不要なもので、台湾海峡両岸の学術交流に無益だと批判した。