6日未明に台湾南部・高雄市美濃区を震源として起きた強い地震により、台湾高速鉄道、並びに台湾鉄道が一部の列車を運休にしている。地震発生後、台湾高速鉄道は土木構造の点検を相次いで行って安全性を確認した。その後レールの点検を進めている。6日午前9時以前の、高雄市・左営駅から北上する列車は全て運休。また、北部の台北駅から中部・台中駅までの4本も運転を取りやめた。運転を取りやめたのは下り（南下）の1307列車、115列車、1117列車、並びに上り（北上）106列車。最も早い場合は午前11時前後から、上り下りとも徐々に正常な発車が回復されると言う。
台湾高速鉄道では、台中以南に向かう旅客は台中駅まで乗り、在来線・台湾鉄道の新烏日駅から台湾鉄道に乗り換えるか、台湾高速鉄道の運行再開を待って引き続き台湾高速鉄道の空席を利用するよう呼びかけている。南部から北上する旅客についても、台湾鉄道で新烏日駅まで来て、そこから台湾高速鉄道を利用するよう求めた。
一方、台湾鉄道は、沙崙支線と一部の列車が規定に従って減速運転を行っている他は正常な運行を続けている。また、台湾高速鉄道が運行を見合わせていることに対応し、北上する指定席の列車は午前6時から、新左営駅にも臨時で停車するよう調整。上り下りとも指定席の列車は新烏日、田中、嘉義、台南、新左営駅での臨時停車を行うという。さらに高雄と台中間では臨時列車も走らせる。