日本からのコンテナが台湾南部の高雄だけではなく、ほかの港湾施設でも放射線の検査を受けることが可能になっている。与党・国民党の立法委員によると、過去3年来、財政部管轄下の高雄税関は、日本からのコンテナ200個あまりの入国を拒否した。これらのコンテナのセシウムの放射線量はいずれも標準値を越えている。この立法委員は、政府に対して11月7日から、日本からのコンテナはすべて高雄で放射線検査を受けるよう要求した。
しかし、税関業務を担う、財政部関務署は、日本のすべてのコンテナに対して、高雄での通関を要求するなら、多くの貿易面での紛糾を引き起こす恐れがあり、高雄税関の放射能検査設備もこれらの膨大な量のコンテナの検査に対応することができないと懸念を示した。各方面が協調した結果、日本が台湾に向けて輸出したコンテナは、台湾北部の基隆港、台北港、台湾中部の台中港を通関する際、回収されたブラスチック製品、リサイクルの紙、リサイクルの金属などが積み込まれたものに対して、手持ちの簡易放射能検査機器で逐一検査することで意見の一致を見た。この検査方法は、三ヶ月試験的に実施してから再検討するという。